日本明治维新前之所以能有超过百分之五十的识字率，就是这种寺子屋的功劳，在日本全国大概拥有以那16560家寺子屋，由于是寺院，所以老百姓都比较放心，女学生也愿意送去学习，所以寺子屋的教师和学生都有相当数量的女性，这让江户末期日本的识字率达到了世界最高水准，1850年统计的就学率高达70%-86%，而大明推行普及教育二十年的时候，才勉强达到这个水平。
明治维新之后，日本政府打着西化的大旗，连这种优良传统也看不上了，看不上传统的教育方式，要求革新为西式学堂，1872年9月，文部省颁布了教育改革法令《学制》，明确宣布要在全国普及小学，把全国分成80个大学区，每个大学区设大学1所，中学32所。每个中学区设立小学210所。全国办8所大学，256所中学，53760所小学。实际上他们知道21世纪，也才建了两万多所小学。
但新教学令，要求废除寺子屋，强行要求学生转入政府开办的西式学堂，结果不但没有受到百姓的欢迎，反而是大加抵制，老百姓觉得孩子挤在一起听天书一样听老师将西方科学文化，什么都没有学会，完全没有用，还不如寺子屋中教的农用学问呢。
结果导致老百姓不愿意将孩子送进政府办的学堂，1873年小学就学率只有28%，1890年才达到50%，直到1905年才达到96%，超过了寺子屋时代的入学率。
另外政府办学经费，还主要是向穷苦的老百姓征收，这更让老百姓不满，出现了大批捣毁学校，袭击教员的事件。
不过他们倒是成功的摧毁了所有的寺子屋，通过一项法令，将设立寺子屋的大批神佛合一的神道教寺庙，进行了神佛分离，推行日本本土的神道教，而排斥已经跟神道教融合到一起的佛教。
日本称之为“废佛灭释运动”，大批佛寺全毁，多数寺院的佛像、佛具被毁，僧侣转职为神职人员，直到1901年，这场佛教文化灭绝运动才结束，而就在这一年，日本一家寺庙重开了寺子屋性质的学校，帮老百姓照顾和教育孩童，但已经改名叫幼稚园了。
后世一提明治维新成功的原因，必说日本重视教育云云，大体上没错，日本是通过引入西方教育方式，短期内培养了大批工业化人才，可他们的教育也是走了弯路的。很大程度上，日本工业化成功不是教育的成功，反而是工业化的成功带来了教育的成功。
福泽谕吉批评的大明普及教育为寺子屋，展现的还是日本人对本国旧传统的鄙弃，认为寺子屋就是不好的，这主要是精英的心态，一切向西看，凡不是西化的就不是好的。大明坚持了旧道德教育，很大程度上是因为朱敬伦向士大夫阶层进行的妥协。可也绝不是完全传统的旧学，主要教的还是数学等基础科学。
不过福泽谕吉将大明教育比喻成日本的寺子屋教育，一定程度上给他打击大明改革找到了理论依据，他的目的还是维护日本式改革的正确性，担心日本政府和民间受到大明影响，而回到旧教育的老路上。
但是大明打败法国，让福泽谕吉这老小子很尴尬，很多依然对传统儒学抱有好感的文化学者发文质问他，为什么寺子屋的大明打赢了法国，而不是已经福泽谕吉口中“不断地采用西洋文明的利器”的日本打败了白人呢。
福泽谕吉很是低调了一阵，但随着大明跟美国关系变得紧张之后，他又开始活跃了，他鼓励日本政府要趁着大明跟美国交恶的机会，找机会“开化朝鲜”去。
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